Obecny herb został ustanowiony jako oficjalny w grudniu 2015 roku. Jest on wzorowany na herbie miasta Manchester. Na tarczy widnieje statek, reprezentujący Kanał Manchesterski.
W przeszłości Manchester City miał trzy inne herby. Pierwszy, zaprezentowany w 1970 roku, bazował na wzorze używanym w oficjalnych korespondencjach klubu od późnych lat 60. Herb ten był okrągły, na obwodzie znajdowała się nazwa klubu, w środku zaś tarcza, identyczna z tą używaną współcześnie.
Emblemat ten został zastąpiony w roku 1972 w wersję, w której górną część tarczy zastąpiono czerwoną różą z Lancashire. W wypadku występów w finałach ważnych imprez klub nie używa oficjalnego loga zespołu, zastępując je herbem miasta, co ma podkreślić dumę z reprezentowania Manchesteru. Ta tradycja pochodzi z czasów, gdy na koszulkach nie było herbu, jednak przetrwała do czasów współczesnych.
Kolejny herb został ustanowiony jako oficjalny w 1997 roku, ponieważ wcześniejszy emblemat nie mógł zostać zarejestrowany jako znak towarowy. Był on wzorowany na herbie miasta Manchester i składał się z tarczy na tle złotego orła. Na tarczy widniał statek, reprezentujący Kanał Manchesterski, a w dolnej części, trzy ukośne linie, symbolizujące trzy rzeki, który płyną przez miasto. Na dole herbu widniała dewiza z łacińską sentencją Superbia in Praelia (dumni w walce). Nad orłem znajdowały się trzy gwiazdy, będące motywem czysto dekoracyjnym.
W 2015 roku Manchester City oficjalnie zaprezentował nowy herb, który obowiązuje do dnia dzisiejszego i odnosi się do historii miasta.