Barwy The Citizens to błękit i biel. Tradycyjne stroje wyjazdowe były albo kasztanowe, albo (od lat 60.) czerwono-czarne, w ostatnich latach jednak w użyciu są także inne kolory. W sezonie 2004/2005 zespół nosił białe koszulki, fioletowe spodenki i białe getry, zaś w następnym stroje wyjazdowe były już w całości granatowe. Natomiast w sezonie 2006/2007 stroje były czarne z szarym paskiem. W starciach na wyjeździe z zespołami z Premiership, których stroje podstawowe były ciemnoniebieskie, City najczęściej występowało w trzecim komplecie, na który składały się żółta koszulka oraz czarne spodenki i getry. W jednym z programów meczowych próbowano usprawiedliwiać ten wybór, tłumacząc, że żółty kolor nawiązuje do barw strojów z lat 50. i 60. W rzeczywistości jednak kolor ten był bursztynowy z kasztanowym paskiem i używano go bardzo rzadko. Od sezonu 2007/2008 białe paski pojawiły się zarówno na koszulkach wyjazdowych (fioletowe z białymi paskami), jak i domowych (błękitne z białymi paskami).
Do dyspozycji zespół ma też trzeci zestaw białe koszulki z poprzecznym błękitnym paskiem, błękitne spodenki i białe getry. Nie jest jasne dlaczego klub gra w takim zestawie kolorów, są jednak dowody, że błękit jest kolorem Manchesteru co najmniej od 1892 roku. Według jednej z plotek przywiązanie do tego koloru jest łączone z ruchem wolnomularskim. Według broszury zatytułowanej Famous Football Clubs Manchester City, opublikowanej w 1940 roku zespół pierwotnie, jeszcze jako West Gorton (St. Marks) nosił szkarłat i czerń. Według relacji datowanych na rok 1884 zawodnicy nosili czarne koszuli z białym krzyżem, podkreślające chrześcijańskie korzenie klubu. Pomysł na czerwono-czarne stroje wyjazdowe wyszedł od ówczesnego asystenta menedżera Malcolma Allisona, który twierdził, że użycie barw AC Milan natchnie zespół do zwycięstw.